定量生物学中心旨在培养以理论、计算及实验的定量研究为手段、围绕理论与系统生物学领域重大科学问题开展交叉研究、具有创新研究能力的高层次人才。中心毕业的研究生必须满足中心对毕业研究生的课程要求、学术创新成果要求和科研工作要求，根据修读课程和研究方向的具体情况在本校前沿交叉学科研究院申请相关交叉学科学位。
2.1 培养目标与学习年限
充分体现学科交叉，聚集数学、物理、化学、信息、生物学及未来技术等方面的力量，培养具有在理论与系统生物学领域开展交叉研究的、有创新能力的基础研究和应用研究的领军人才，以及适合于到科研单位和高校作基础研究和到企业作研发、管理的高级专门人才。
通过培养，使学生具有坚实而广博的理论基础、系统的专门知识和熟练的专业技能。熟悉本学科国内外的研究及发展动态，具有独立从事科学研究和承担专门技术工作的能力；同时，使学生具有较强的创新能力，较强的组织协调及交流能力，强烈的事业心和良好的合作奉献精神；对待科学问题，思维要开放，学风要严谨，要有实事求是的精神，以满足社会对该学科在教学、科研和应用等方面的人才需求。
学习年限：5年。可根据学位论文课题进展情况，在4-7年内完成毕业论文并进行毕业答辩。无因病休学等特殊原因，超过8年未能完成博士毕业论文者，若达到硕士毕业要求，可授予硕士学位。
2.2 学位要求
中心毕业的研究生必须满足中心对毕业研究生的课程要求、培养过程各环节的要求，根据修读课程和研究方向的具体情况在本校前沿交叉学科研究院申请整合生命科学专业学位。
课程要求：
（1）完成定量生物学中心所规定的必修课程，具体课程见《2.4 课程设置》。
（2）根据学生的本科专业背景，与指导教师协商有针对性地选修定量生物学中心所推荐的选修课程。选修课程必须由指导教师签字方能录入成绩。具体课程见《2.4 课程设置》；
（3）完成本校规定的公共必修课程。其中，博士生英语课程为中心强调修读课程，不建议免修。
学术创新成果要求：
博士研究生应在科学或专门技术上做出创造性的成果，同时撰写学术论文是博士研究生培养的重要内容，学术发表是创新成果的重要表现形式。鼓励博士研究生在学期间发表学术创新成果，呈现形式可以是学术论文、专利、软件著作权、著作等。
在满足培养过程各环节要求的前提下，根据研究生院、前沿交叉学科研究院相关交叉学科学位规定执行（见附件《整合生命科学专业学位授予的相关规定》）。
2.3 培养过程的重要环节
定量生物学中心的博士研究生培养工作进程主要包括以下几个环节：课程学习、实验室轮转（Lab Rotation）、成立博士生指导小组并制定培养计划、资格考试、年度考核、学位论文预答辩与评审、学位论文答辩。分述如下：
（1）课程学习：参见《2.2 学位要求》及《2.4 课程设置》。
（2）实验室轮转（Lab Rotation）（完成时间：2024年9月-2025年6月）：根据中心的要求，中心招收的研究生在第一学年统一实行实验室轮转，之后方可进入确定的导师实验室进一步完成攻读博士学位的研究工作。本环节以《理论与系统生物学实验》课程（中心必修课）的形式对研究生进行考查和评定，具体要求和注意事项请参考第三章《中心研究生实验室轮转》。在不可抗因素导致的特殊情况下，实验室轮转及考核方式将由本中心研究生培养委员会决定相应的替代方案。
（3）成立博士生指导小组并制定培养计划（完成时间：2025年7月-8月）：中心研究生完成实验室轮转并确定导师后的第一个月内，由导师根据中心的要求确定学生的“博士生指导小组”（详见附件4），并上报给本中心研究生培养委员会备案。
（4）资格考试 资格考试是中心对博士研究生质量控制的重要环节，主要考察研究生对专业基础知识和基本技能的掌握，以及研究生对即将开始的博士阶段研究课题的研究背景、意义、技术路线、创新性等内容的理解和计划。直博生需通过一、二年级必修课程，满足研究生院相关要求，方能参加资格考试。
资格考试在三年级上学期进行，首先要按照要求撰写完成资格考试的书面报告。书面报告分为两部分：1，根据指定学术杂志格式，在导师指导下撰写一篇本研究领域的英文综述；2，撰写中文研究进展报告（按照本中心制订的报告模板撰写），经导师指导小组修改后在当年9月上旬前提交电子版至年级顾问老师，由顾问老师发给相关老师审阅，审阅通过（评委打分均高于70分）后才可参加当年的资格考试口头答辩。审阅若出现一个打分不合格（低于70分），需大改后重新送审，再审合格方可参加资格考试，再审不合格按资格考试不通过处理；若出现两个或两个以上不合格，按资格考试不通过处理；学生未在规定时间内提交书面报告按资格考试不通过处理。书面报告不合格者均不得参加当年的口头答辩。口头答辩时需针对书面报告审阅评语逐一做出答复。书面报告英文综述主要考察：（A) 对国内外研究背景和现状的整体把握；（B）对科学事实表述的逻辑性和严谨性；（C) 为开题报告所叙研究背景做出足够的铺垫；（D）写作格式规范性、英文水平以及文字组织能力。书面开题报告主要考察以下内容：（A）对研究背景的阐释是否充分地支持了报告中的科学问题；（B）提出科学问题是否具有合理性和创新性；（C）已/拟采用的技术路线是否可行；（D）已有的工作进展；（E）报告的逻辑性以及文字组织能力。（参见《2.5 博士研究生资格考试书面报告打分表》）。
资格考试的答辩一般在当年的10月中旬集中进行（以当年通知为准），资格考试评审专家为本中心博导委员会，考试采用导师回避制度。资格考试方式为：每人1小时，其中报告时间为25-30分钟，其余为提问与答辩时间。主要考查点包括：（A）专业基础知识的掌握；（B）国内外研究背景的表述及该背景与论文研究关系的把握；（C）对本学科或课题的主要研究内容、研究方法、发展趋势等是否有深入的了解和研究；（D）研究内容是否合理，技术路线是否可行，是否具有创新意义；（E）报告的逻辑性以及语言表达能力,以及从已有研究成果来看能否顺利完成科研题目（参见《2.5 博士研究生资格考试答辩评委打分表》）。
资格考试成绩由书面报告成绩（占40%）和口头报告成绩（占60%）组成，70分及格，其中书面报告和口头报告的单项平均成绩必须分别高于70分才能通过资格考试。资格考试未通过者与下一届学生一起进行第二次考试。如果第二次考试仍不合格，将按照学校相关规定进行肄业处理，符合条件的可以建议学位委员会授予硕士学位。在不可抗因素导致的特殊情况下，资格考试的方式将由本中心研究生培养委员会决定相应的替代方案。
（5）指导小组定期考核：在完成通过资格考试（学位论文选题）之后，自第三学年起，博士生指导小组每学年定期对博士生进行至少一次课题进展考核，直至学生完成学位论文预答辩。其中，学位论文预答辩（参见本条例“（6）学位论文预答辩与评审”）可结合课题中期考核的形式来完成。考核主要以博士生的口头报告形式进行，指导小组针对学生的课题进展情况提出评估和建议，具体时间和方式由导师与指导小组其他成员协商决定。
中期考核一般在五年级秋季学期进行，考核方式由书面报告（格式参考北京大学学位论文）和口头答辩两部分组成，书面报告评审通过后才可以参加口头答辩。中期考核具有预答辩功能，考核通过但是否可以代替预答辩由考核委员会决定，考核不通过则转为硕士毕业或退学。学生经培养委员会同意后，可申请延期一年进行中期考核，通过后可申请冬季学期毕业。中期考核通过后又延期毕业，需要重新组织预答辩。
（6）学位论文预答辩与评审：按学校研究生院和申请学位的学院有关管理规定执行。
（7） 学位论文答辩：按学校研究生院和申请学位的学院有关管理规定执行。
中心研究生培养进程中的其他事宜，按学校、相关院系和前沿交叉学科研究院的相关规定处理。
2.4 课程设置
中心研究生在读期间所修读课程需围绕理论与系统生物学研究领域，结合自己本科专业的背景，充分体现学科交叉。中心课程的设置分为三部分：
第一部分：所规定的必修课程，见中心必修课程（表2-1）；
第二部分：根据自己的本科专业背景，有针对性地选修中心推荐的选修课程，见中心教师开设及中心推荐的选修课程（参考表2-2）；
第三部分：根据本人研究方向，在导师及指导小组的指导下，从各院系（数学学院、物理学院、化学学院、生命学院以及未来技术学院）相关专业的课程，见各院系相关课程表（参考表2-3）。
部分课程说明：
（1）非生物、化学背景的研究生，应修读分子生物学、细胞生物学、生物化学等相关课程，至少达到6学分（见专业自主必修课程与中心教师开设及中心推荐的选修课程参考表2-1-2和表2-2）。
（2）中心必修课《理论与系统生物学文献阅读》以中心研究生第一、第二学年参加中心学术报告、讲座的形式进行考查和评定。中心研究生必须在第一、第二学年共2个学年参加中心32次以上或3/4以上的报告和讲座，在满足最低参加次数的基础上根据参与次数给出成绩。中心以定期或不定期的形式通知研究生属于本课程考查范围的讲座和报告，通常在每周一中午1:00－2:00定期举行，研究生必须签到。对于2学年签到次数不足32次或3/4的学生，该学年课程记为不合格，应该在下一学年重修。在不可抗因素导致的特殊情况下，某一学年的课程考核方式将由本中心研究生培养委员会决定相应的替代方案。
（3）中心必修课《理论与系统生物学实验》为中心研究生在入学第一学年的实验室轮转（Lab Rotation），具体要求参见《三.中心研究生实验室轮转（Lab Rotation）》。
（4）教学实习（助教）为本中心研究生必修课程，通常在入学第二年之后由导师安排，所服务的课程以本中心开设的必修、选修课程为主，也可包括导师在院系开设的相关研究生、本科生课程。教学实习成绩由任课教师给定。
学分要求：
（1）整合生命科学专业总学分40，包括：
I. 公共必修课程（5学分）：
--政治（2学分）: 61400001 中国马克思主义与当代
--英语（2学分）
--论文写作类课程（1学分）：
08402101 《科研规范、数据分析和论文写作》，任课教师：肖俊宇
II、学科专业课（35学分）：
--学院公共必修课（实验室安全类）：1学分
08403534 《实验安全概论》，任课教师：谢芹
--专业必修课：18学分
--专业选修课：≥16学分
(2) 其他交叉科学专业：除完成中心的必修课程和要求课程学分外，还需完成若干拟申请的交叉学科学位相关的专业课程，使得全部专业课程内容及总学分达到相应交叉学科学位要求。
